兩大難題，一個都不好解決，但在茂縣隧道卻同時出現，約700米的段落成了“攔路虎”。
對建設者來說，穿越龍門山活動斷裂帶，不僅要考慮施工時順利通過，也要考慮運營后的安全，即便發生地震，也不會破壞隧道結構，便于快速修復?？伤淼来┥蕉^，若山體錯位，隧道勢必相應斷裂。難題如何破？“動物的脊柱由一段段組成，互相鉸接，又能錯位，它還是中空的，保護了脊髓?！痹O計師“腦洞大開”，仿照動物的脊柱，根據斷裂帶錯動的概率，將500米斷裂帶核心段落分成了34個“短節”分別建設，各“短節”間留15厘米的變形縫，并用特殊的止水帶進行鉸接。
要保持隧道結構不變，還需給“短節”留夠可能錯位空間。因此，茂縣隧道的斷面較一般單線鐵路隧道的斷面，要“大”6%左右。
如何應對軟巖大變形？施工工藝進行了創新?！疤煜挛涔?，唯快不破?！苯ㄔO者爭分奪秒，快速挖掘、快速支護、快速錨固、快速注漿，搶在軟巖變形前，給山體注入混凝土增強巖體強度，從而達到穩固的目的。
最多時一天抽水20個游泳池，9公里隧道換了7種開挖工法
其他鐵路建設中常遇到的突泥、涌水，在茂縣隧道雖不是最大難題，但也給建設帶來不小挑戰。
2015年6月，隧道在建設中忽然出現了涌水，含著泥沙的水從正在掘進的掌子面滲出，源源不斷?！白畛?0天，天天都在打仗。”侯國強回憶。上抽水泵、接抽水管，直到建成一條從掌子面到2公里外、160米高排水的管道，建設才又重新推進。此后900多天，抽水泵每天24小時不間斷抽水，最多時一天抽水3萬立方米，相當于20個標準游泳池水量。水中有泥沙，水泵使用一段時間就要更新，幾年下來，更換的水泵有400來臺，堆成了一座小山。
走進已經貫通的茂縣隧道，可以看到，內部結構很復雜：隧道進口緊接茂縣車站，有三條鐵路線，進洞后短短1.2公里，經歷了三線變兩線、單洞變雙洞的變化。隧道三線的斷面面積有261平方米，單洞變雙洞時最大截面320平方米，是普通單線隧道截面的4倍，而單洞斷面面積僅80平方米，在1200米的距離中斷面面積逐漸縮小，共經10次變化，這在鐵路建設中極其罕見。
結構復雜、膚質復雜，為此，中鐵十七局頻繁轉換開挖工法，達到了7種；高峰時段，作業掌子面多達17個。為確保設計措施落實到位，提高施工效率，建設者還專門配置了三臂鑿巖臺車、錨桿臺車等隧道施工專業設備，關鍵的工序高度機械化，保障了施工的安全和質量。
